El instituto “Juan Pablo Bonet” ya existía para el año 1954 con el nombre “Escuela Taller de Sordos” en la urbanización Los Chorros, Avenida Álvarez Michaud, Nº 1, sede donde ha permanecido hasta la actualidad. Para ese entonces eran atendidos algunos niños sordos, pero su funcionamiento era deficiente y se temía fuera clausurado, por lo que los padres acudieron a la Primera Dama de la República, doña Flor Chalbaud de Pérez, quien realizo una inspección a la escuela para ver su funcionamiento y pensó que valía la pena continuar intentándolo por lo que sugirió al Gobierno asignar a una Comunidad Religiosa que se encargara de la dirección del colegio y así impulsar la educación de estos niños.

La Presidencia del Consejo Venezolano del Niño (CVN), del Ministerio de la Familia, conocido como el antiguo Instituto Nacional del Menor (INAM), estableció comunicación a España, con la Madre General María del Pilar Franco Martorell a través del Consejo Superior de Misiones, y se fue concretando el hecho de que las Hermanas Franciscanas de hicieran cargo de la escuela, es así como nació la primera Comunidad Franciscanas en Caracas y se procedió a nombrar a las hermanas que vinieron a desempeñar tan loable labor, a saber: la Superiora Sor María Aguilar Usach Religiosa Franciscana de la Inmaculada, la cual llegó el 30 de Diciembre de 1954 de Chile, y las Hermanas Ana María Palmero Ros, Sor María Trinidad Zurita Dauden, y Sor María Luisa Pons Solanes, que llegaron directamente de España el 29 de Diciembre del mismo año.
Según lo dispuesto en las cláusulas del contrato, el CVN exigió un mínimo de cuatro hermanas permanentes y especializadas en modernos tratamientos para sordomudos, gozando la congregación de la libertad para asignarlas y quedando la proposión de seglares para el cargo de directora.
En adelante las hermanas se dedicaron a su labor, comenzando con una matrícula de 17 niños, y antes que nada estableciendo un oratorio (capilla) como dependencia principal, el funcionamiento del colegio se desenvolvía en un ambiente de paz y armonía predominando el bienestar y el progreso, superando las dificultades hasta ir cumpliendo la misión encomendada.
Luego se abrió un internado para niñas y niños, estos alumnos salían con sus padres los fines de semana, quincena o mes, según el sitio de domicilio, la mayoría de los alumnos eran del interior del país.
Con los años fue incrementado la matricula, ya que eran conocidos los logros del instituto a nivel educacional, por lo que el CVN decide ampliar y dotar la infraestructura, presionado por las peticiones de los padres y las Hermanas Franciscanas en el año 1957.
El centro funcionó como internado aproximadamente hasta el año 1990, dado los problemas de mantenimiento que se fueron presentando.

El año 1993 se hacen las gestiones para que la escuela pasara a formar parte de la red de colegios de Fe y Alegría, ya que el aporte del INAM era insuficiente para cubrir la nómina del personal especializado.
A partir de este año se empieza a formar parte de la Asociación Venezolana de Educación Católica –AVEC y actualmente se cuenta con un personal especializado gracias al convenio AVEC y Ministerio del Poder Popular para la Educación el cual contempla una subvención mensual para cubrir los gastos del personal, servicios y algunos gastos menores de mantenimiento, e igualmente gracias a el apoyo incondicional de Fe y Alegría, como movimiento de Educación Popular.